Il Dipartimento si divide nei seguenti uffici dirigenziali di livello generale:

- Direzione generale sviluppo rurale, infrastrutture e servizi;
- Direzione generale sviluppo agroalimentare, qualità e tutela del consumatore;
- Direzione generale dei servizi amministrativi.

Per le proprie attività di competenza si avvale inoltre dei seguenti uffici dirigenziali di livello non generale:

- DISER I (Funzioni di supporto)
- DISER II (Biblioteca Storica Nazionale dell'Agricoltura - Fondo Interbibliotecario Nazionale dell'Agricoltura Italiana)
- Uffici di Consulenze, Studi e Ricerche su accordi internazionali.