Il Dipartimento si divide nei seguenti uffici dirigenziali di livello generale:

- Direzione generale delle politiche comunitarie e internazionali di mercato;
- Direzione generale per l’attuazione delle politiche comunitarie e internazionali di mercato;
- Direzione generale della pesca marittima e dell'acquacoltura.

Per le proprie attività di competenza si avvale inoltre dei seguenti uffici dirigenziali di livello non generale:

- DIPEI I (Funzioni di supporto)
- Uffici di Consulenze, Studi e Ricerche su accordi internazionali.